O local onde hoje se encontra o município de Alcobaça pertencia a uma sesmaria (terra doada pelo governo, no Brasil Colônia, para fins de colonização) administrada pelo capitão Francisco Martins Pereira a partir de 1697. Localizada numa área com grande incidência de indígenas "selvagens", a antiga Vila de Alcobaça oferecia pouca segurança para seus moradores. Em compensação, porém, suas terras eram férteis e o rio Itanhém possibilitava acesso ao "sertão" (região afastada do litoral). Talvez por causa da fertilidade do terreno, a região começou a ser ocupada pelos primeiros homens brancos oriundos de Vila de Caravelas, por volta de 1747. Nessa época, segundo a tradição, os portugueses Antonio Gomes Pereira e Antonio Mendes, moradores da cidade vizinha de Caravelas, e provenientes da cidade medieval de Alcobaça, em Portugal, assentaram acampamento às margens do rio Itanhém com suas respectivas famílias. Em pouco tempo, surgiu ali um povoado com o nome de Arraial de Itanhém.
O município tem origem em uma vila criada em 12 de novembro de 1772 pelo Ouvidor José Xavier Machado Monteiro no local denominado Arraial de Itanhém, situado às margens do Rio Itanhém, ao sul da Capitania de Porto Seguro (atual Microrregião Extremo Sul da Bahia).
A cidade de Alcobaça é visitada anualmente por milhares de turistas oriundos principalmente dos estados vizinhos de Minas Gerais e Espírito Santo, mas também de Goiás e Distrito Federal.
O turismo de veraneio em Alcobaça tem como base as belas praias da região e a proximidade da cidade com o Parque Nacional Marinho de Abrolhos.
O ponto central da cidade, a Praça da Caixa D'Água e seus arredores, é o mais visitado pelos turistas.
A história de Alcobaça está refletida também nas ruas do centro (todos os pavimentos de ruas na cidade são em blocos de concreto em formato de hexágono), onde estão localizados os casarões e sobrados antigos, e nas fazendas centenárias. Alguns sobrados da cidade remontam ao século XIX, sendo que muitos já foram edifícios públicos, senzalas ou prisões.
No final dos anos 1970, o Instituto do Patrimônio Cultural da Bahia (IPAC-BA) começou a realizar um estudo arquitetônico em todo a região municipal para inventariar o patrimônio cultural que merecesse ser protegido.
Alcobaça conseguiu, em um período de tempo em torno de 30 anos, ganhar rodovias pavimentadas (e ruas municipais calçadas), e um sistema de transporte público, assim como um terminal rodoviário. Nesse mesmo período de tempo, houve o revés de perder a ponte sobre o rio Itanhém que ligava a cidade à Caravelas.
O município conta apenas com uma linha municipal urbana (visto que a área urbana tem formato achatado), apesar de essa linha ter muitos veículos. O município também possui uma linha de ônibus que liga a área urbana aos distritos comerciais situados na BA-290.
Possui como limítrofes, Teixeira, Prado, Caravelas e Veredas.