Conceição da Barra é um dos mais antigos municípios do estado do Espírito Santo, cujo porto foi o determinante geograficamente para a fundação da cidade. Sua fundação data de 1554, quando os portugueses organizaram expedições para afastarem os índios das circunvizinhanças de Vila Velha, local onde se estabelecera, o donatário Vasco Fernandes Coutinho.
Vindos do mar, os portugueses aportaram ao norte da foz de um grande rio, chamado pelos índios de Kiri-Kerê ou Cricaré pelos portugueses. Receosos do ataque dos selvagens os europeus permaneceram no litoral. Entretanto, os indígenas que habitavam a região, pertenciam a tribo Guaianá, de índole pacífica e que juntamente com os náufragos de um navio espanhol, ajudaram os portugueses a penetrarem no território dando início ao núcleo populacional.
Esses índios chamavam os brancos de "moab" que significa homem de calça. Devido a situação geográfica o novo núcleo foi denominado Barra. A povoação logo prosperou devido ao intenso tráfego de navios, procedentes da Bahia e de Pernambuco, que nela aportavam.
Em 1596, a povoação de Barra recebeu a visita do padre José de Anchieta, que visitou também a povoação no Vale do Cricaré, no dia 21 de setembro do mesmo ano e como era costume denominar as terras e os acidentes geográficos com o nome do Santo do dia, Anchieta trocou o nome do rio para São Mateus e deu a povoação o mesmo nome. E com essa troca de nomes, o núcleo populacional da margem esquerda, passou a se chamar-se Barra de São Mateus.
Em ato datado de 11 de agosto de 1831, Barra de São Mateus foi instituída paróquia, sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição, cuja imagem era venerada numa rústica capela erguida nos primórdios da colonização, onde se encontra até os dias de hoje.
Foi elevada a categoria de Vila por resolução do Conselho do Governo datado de 2 de abril de 1833, sendo chamada Vila de Nossa Senhora da Conceição da Barra do Rio São Mateus. A solenidade da instalação da cidade deu-se a 6 de Outubro de 1891, ficando estabelecido por lei, este dia, para se comemorar o dia do município.
A cidade recebeu a denominação de Conceição da Barra, sendo o primeiro nome uma homenagem a padroeira e o segundo, lembrando o primeiro nome que os portugueses deram à povoação. No dia 10 de junho de 1892, foi criada a comarca do novo município, que teve como juiz de Direito Carlos Gonçalves.
A povoação da Barra de São Mateus muito contribuiu para o desenvolvimento da capitania do Espírito Santo. Segundo o poema do padre José de Anchieta, em que descreve a Batalha do Cricaré, foi nas águas do rio que banha o município, que Fernão de Sá, filho de Mem de Sá, ferido perdeu a vida, quando lutava pela expulsão dos franceses.